El Nombre Ysabela proviene en honor a la Reina Isabel la Católica de España. Antes de la invasión europea, esta área Taína era una de las más importantes y fué conocida como Guajataca. El Cacíque, Mabodomaca era uno de los líderes durante las guerras indias. La leyenda dice que cuando sus guerreros ya no pudieron repeler los invasores condujo a su gente por el río Guajataca y desaparecieron en las montañas.
En 1725 los primeros colonos europeos construyeron una ciudad cerca del río de Guajataca y la nombraron San Antonio de la Tuna o Pueblo Viejo. El área fue abandonada más adelante hasta los 1800's cuando fue restablecida.
En el 1818 se trasladaron los que vivían allí y otros colonos que estaban en la región al sitio donde por fin el 21 de mayo de 1819 en el barrio del mismo nombre se fundó el municipio de Isabela.
Bandera: La bandera de Isabela deriva su diseño, colores y simbolismo de los del escudo. Consistirá de tres franjas horizontales de igual anchura, amarillas las de los extremos y verde la de su medio y en el centro podrá llevar superpuesto el escudo de la población, y las dimensiones de la bandera serán las usuales en Puerto Rico.
Escudo: El escudo es dividido horizontalmente en tres franjas de la misma anchura, doradas las de los extremos, y verde olivo la del centro.
Este esmalte verde simboliza los primeros habitantes de Isabela y de todo Puerto Rico, los indios igneris, localizados aquí para el siglo IX.
El esmalte oro representa a los indios taínos, que en este sitio levantaron un poblado, aproximadamente unos doscientos años antes del descubrimiento de nuestra Isla. Estos hicieron uso extenso del oro.
La campana de oro representada en la franja central entre dos matas de tuna es símbolo de la ermita, hoy en ruinas y del pueblo de San Antonio de la Tuna, fundado junto al río Guajataca en el último tercio del siglo XVII y origen de la actual Isabela. Los gallos representan los afamados gallos de peleatambién representan la valentía.
El caballo representa a los famosos caballos de paso fino de Isabela y a la riqueza ganadera de la región. Su corona mural es de tres torres.
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